一般来说，一个涉密项目从开始到结束要经历项目确定（定密）、项目招投标、项目实施、项目运维等四个阶段。对于普通涉密集成资质单位，主要涉及中间两个阶段。

涉密项目的招投标主要采用邀请招标、竞争性谈判、询价和单一来源采购等形式。既保证国家秘密的安全，也充分发挥市场竞争机制的作用，达到有效竞争，控制涉密项目的建设成本的目的。对于资质单位，在招投标阶段主要做的工作如下。

首先，从公司涉密人员中筛选合适的人员，组成投标工作小组。对投标小组进行保密教育培训，落实保密责任，责任到人。

其次，配合项目建设单位做好对本公司的各项考察工作。

第三，与招标单位签订保密责任书，明确承担的保密义务与责任。

第四，在投标文件中编制详细的项目全周期的保密方案。

最后，如果中标，要注意在签订项目合同后30天以内，到涉密项目所在地省级保密行政管理部门备案，接受保密监督管理。

在项目实施阶段，资质单位主要工作流程是组建项目组、制定保密工作方案和项目实施方案、项目现场实施、项目验收。项目组组建工作是由涉密业务负责人根据项目的业务和密级要求，选择适当的涉密人员，经人力资源部门审查、教育培训并签订保密承诺书，最后保密办对参与项目的各类人员进行登记备案。然后项目经理根据项目的实际情况组织相关人员制订保密工作方案及项目实施方案，并提交项目建设方审核。保密工作方案及项目实施方案审核通过后，即可进行项目实施。

项目实施过程中要注意项目经理必须参加项目建设方组织召开的项目工作会议，另外，项目组在项目实施过程中至少进行一次保密管理自查工作，公司保密办在项目实施期间也至少进行一次保密检查工作。项目竣工前，项目经理应组织项目组相关人员共同编制验收文档，整理汇总各种技术文档，并按照文档的密级进行相应的保密管理。项目实施最后的工作流程就是项目验收并向项目建设方移交相关文档资料。

按照《涉密信息系统集成资质管理办法》，只有取得总体集成业务种类许可，才可以从事所承建系统的运行维护业务。因此，如果资质单位不是总体集成资质，就与所承建系统的运行维护工作无缘了。

最后要说的是，按照《涉密信息系统集成资质保密要求》，涉密集成项目的设计方案、研发成果及有关建设情况，资质单位不得擅自公开发表、交流或者转让。另外，如果要利用涉密集成项目成果申请专利，应当严格遵守有关保密规定。